Per l’intera durata della formazione a tempo pieno al medico in formazione specialistica è inibito l’esercizio di attività libero-professionali all’esterno delle strutture assistenziali in cui si effettua la formazione ed ogni rapporto convenzionale o precario con il Servizio Sanitario Nazionale o enti e istituzioni pubbliche e private, salvo in casi specificatamente previsti dalla legge. 

L'attività di sostituzione dei medici di medicina generale, di guardia medica notturna e festiva e di guardia medica turistica, prevista dall'art. 19 comma 11 della L. 28 dicembre 2001, n. 448, può essere svolta esclusivamente al di fuori dell'orario dedicato alla formazione specialistica,  e solo in caso di  carente disponibilità di medici già iscritti  negli elenchi stessi, fermo restando che in nessun caso tale attività esterna può rivelarsi pregiudizievole rispetto all’assolvimento degli obblighi formativi. Il medico in formazione specialistica deve preventivamente comunicare al Direttore della Scuola di Specializzazione lo svolgimento di eventuali attività.  

Resta fermo quanto disposto dall’art. 40 comma 2 del D.Lgs. n. 368/99 in base al quale il medico in formazione specialistica, ove sussista un rapporto di pubblico impiego, è collocato, compatibilmente con le esigenze di servizio, in posizione di aspettativa senza assegni, secondo le disposizioni legislative e contrattuali vigenti.  

La violazione delle disposizioni in materia di incompatibilità è causa di risoluzione anticipata del contratto di formazione specialistica.