La direzione della Scuola è affidata ad un professore di I o II fascia appartenente alla sede della stessa e inquadrato nel settore scientifico disciplinare di riferimento della Scuola. Nel caso di multipli settori scientifico-disciplinari di riferimento, la direzione della Scuola è estesa ai Professori di ruolo dei settori-scientifico disciplinari compresi nell'Ambito specifico della tipologia della Scuola.

Il Direttore rappresenta la Scuola, ha la responsabilità del suo funzionamento, convoca le riunioni del Consiglio. 

Il Direttore della Scuola può designare un vicedirettore tra i professori di ruolo del settore scientifico disciplinare di riferimento della Scuola, che lo sostituisca in tutte le sue funzioni in caso di impossibilità o impedimento temporaneo. 

Il mandato del vicedirettore può essere revocato dal Direttore della Scuola oppure scadere contestualmente al suo mandato.

Il Direttore assume per motivi d’urgenza con proprio provvedimento gli atti di competenza del Consiglio della Scuola, qualora non risulti possibile procedere tempestivamente alla sua convocazione. Il provvedimento del Direttore deve essere sottoposto a ratifica del Consiglio della Scuola, nella prima seduta utile.