A ciascuna Scuola è preposto un Consiglio. Il Consiglio della Scuola è composto dal Direttore, che lo presiede, da tutti i titolari degli insegnamenti impartiti e da una rappresentanza degli iscritti.

Al personale delle strutture convenzionate con la Scuola, cui è conferito l’incarico di docenza, viene attribuito il titolo di “professore a contratto”.  I professori a contratto possono concorrere, nel rispetto dell'Ordinamento didattico e dell'organizzazione delle strutture dell'Università, ai fini delle deliberazioni adottate dal Consiglio di Scuola in misura massima pari al 30% dei votanti. Ai fini della elezione del Direttore i professori a contratto concorrono all'elettorato attivo (voto pesato) in misura pari al 30% dei votanti.

La rappresentanza degli specializzandi viene garantita nella misura del 15% dei componenti del Consiglio della Scuola. 

Il Consiglio della Scuola deve essere convocato almeno tre volte all’anno. 

Le riunioni del Consiglio, ad eccezione di quella per l’elezione del Direttore, possono aver luogo anche in forma telematica purché ciascuno dei partecipanti sia in grado di intervenire sugli argomenti, visionare, ricevere e trasmettere documentazione e possa esprimere il suo parere.  

Il Consiglio della Scuola:  

elegge il Direttore della Scuola; 

delibera in relazione alla carriera ed al percorso formativo dello Specializzando, nonché sulle materie concernenti l’organizzazione e la gestione delle attività formative della Scuola medesima; 

approva annualmente il piano degli studi e la composizione della rete formativa; 

formula proposte e svolge funzioni consultive nei confronti del Dipartimento, in materia di progettazione e programmazione didattica; 

svolge funzioni eventualmente delegate dal Dipartimento.