Con l'entrata in vigore dello Statuto il Rettore, con proprio decreto. provvede ad istituire e ad insediare il Consiglio delle Strutture Scientifiche. Col medesimo decreto viene approvato l'elenco delle strutture scientifiche aventi titolo ad essere rappresentate nel Consiglio tramite i Direttori delle stesse. L'elenco viene aggiornato con successivi decreti rettorali al variare delle strutture scientifiche dell'Ateneo.
Fino alla disattivazione degli Istituti, i Direttori degli stessi fanno parte del Consiglio delle Strutture Scientifiche.
Non hanno titolo a fare parte del Consiglio delle Strutture Scientifiche i Direttori degli Istituti di cui è prevista la disattivazione per effetto dell'attivazione di Dipartimenti già istituiti.
Il Consiglio delle Strutture Scientifiche elegge il Presidente ed il Segretario a maggioranza relativa.
Il Presidente ed il Segretario del Consiglio delle Strutture Scientifiche restano in carica per un triennio accademico. Devono essere sostituiti anticipatamente qualora non abbiano più titolo a far parte del Consiglio delle Strutture Scientifiche in quanto cessati dalla carica di Direttore di struttura scientifica.
Al Presidente del Consiglio delle Strutture Scientifiche compete la convocazione e la fissazione dell'ordine del giorno dei lavori del Consiglio. Al Segretario compete la stesura dei verbali delle adunanze del collegio che, sottoscritti dal Presidente e dal Segretario, devono essere sottoposti all'approvazione del collegio nella prima seduta utile successiva.
I pareri e le proposte emessi dal Consiglio delle Strutture Scientifiche a termini di Statuto nei confronti di altri organi assumono carattere deliberativo. L'atto che li contiene deve riportare in calce la firma del Presidente e del Segretario, nonchè il riferimento all'adunanza del Consiglio con l'indicazione dei presenti. I pareri e le proposte sono trasmessi, a cura del Segretario dell'organo, agli organi ed agli uffici competenti.
Entro sessanta giorni dall'insediamento, il Consiglio delle Strutture Scientifiche deve adottare specifiche direttive generali di Ateneo sulle modalità di funzionamento dei Consigli di Dipartimento, sulla nomina delle rappresentanze (personale tecnico-amministrativo; iscritti ai corsi di dottorato ed alle scuole di specializzazione; studenti iscritti ai corsi di studio) e loro consistenza numerica nei Consigli di Dipartimento stessi, nonchè sulla composizione e funzionamento della Giunta di Dipartimento, in funzione dell'approvazione dei regolamenti di Dipartimento da parte dei Consigli di Dipartimento.
Entro il termine di cui al comma precedente, il Consiglio delle Strutture Scientifiche deve designare il rappresentante delle strutture scientifiche in Consiglio di Amministrazione che sarà insediato nell'organo in base alla nuova composizione statutaria unitamente agli altri membri elettivi.