Gli Istituti per i quali, all'entrata in vigore dello Statuto, è in corso un processo di aggregazione dipartimentale sono disattivati secondo quanto previsto dall'art. 88 del D.P.R. 382/80.
Gli Istituti cui afferisce un numero di professori di ruolo e di ricercatori almeno pari a dodici unità, per i quali entro un anno dall'entrata in vigore dello Statuto non venga iniziata la procedura di cui all'art. 88 del D.P.R. 382/80 a seguito di processo di aggregazione dipartimentale, si trasformeranno entro i successivi due anni in Dipartimenti sulla base di un piano programmatico approvato dal Senato Accademico, sentito il Consiglio di Amministrazione, su proposta del Consiglio delle Strutture Scientifiche.
Entro tre anni dall'entrata in vigore dello Statuto gli Istituti cui afferiscono professori di ruolo e ricercatori con un numero inferiore a dodici unità, verranno disattivati e i membri relativi afferiranno a strutture dipartimentali già esistenti secondo criteri di affinità. In materia di afferenza troveranno applicazione le disposizioni di cui all'art. 14 del presente regolamento.
Nell'ambito delle strutture dipartimentali a cui afferiscono, gli Istituti della Facoltà di Medicina e Chirurgia, per le loro specifiche finalità assistenziali, possono mantenere la loro connotazione strutturale quali Unità Cliniche operative.