La Giunta è composta dal Coordinatore del Centro, dal Direttore del Dipartimento che eventualmente agisce da Centro di spesa pro-tempore, qualora non sia già Coordinatore del Centro, e da due dei rappresentanti dei Dipartimenti aderenti, eletti in seno al Comitato con la maggioranza dei due terzi dei presenti.

La Giunta ha durata triennale. I membri della Giunta sono rieleggibili per un secondo mandato triennale.

In caso di parità nelle votazioni della Giunta, prevale il voto del Coordinatore.