Per ogni Settore è istituito un Comitato scientifico con il compito di pianificare lo sviluppo delle raccolte bibliografiche.
Il Comitato scientifico del Settore è composto dal Direttore del medesimo e - per ognuna delle strutture didattiche e scientifiche ad essa disciplinarmente afferenti, da una persona indicata dal responsabile della struttura stessa.

Per la Biblioteca di Medicina la funzione di Comitato scientifico viene svolta dall’esistente Conservatorio, previsto da una Convenzione stipulata tra la Facoltà di Medicina e gli Ospedali Riuniti di Trieste (ora Azienda sanitaria). Tale Conservatorio è composto da tre rappresentanti dell’Università (il Preside della Facoltà di Medicina, un professore scelto dal Consiglio di Facoltà e un funzionario del Servizio Bibliotecario di Ateneo) e da tre rappresentanti dell’Azienda Sanitaria (il Direttore generale, il Direttore sanitario e il Direttore ospedaliero della Biblioteca stessa).
Il Comitato scientifico della Biblioteca Generale è composto dai Direttori di Settore, che si fanno portavoce delle esigenze delle strutture didattiche e scientifiche, emerse nelle riunioni dei Comitati scientifici di Settore e da un rappresentante per ciascuna delle otto aree scientifico-disciplinari rappresentate in Senato Accademico.
Il Comitato scientifico è convocato dal Direttore di Settore almeno una volta l' anno.