Sono organi del Centro:
a) il Direttore;
b) il Comitato di gestione.
Il Direttore è nominato dal Rettore, su proposta del Direttore amministrativo, sentiti i responsabili delle strutture servite e preferibilmente scelto tra questi; in ogni caso, se appartenente ai ruoli del personale docente-ricercatore dovrà aver optato per il regime d'impegno a tempo pieno e se appartenente ai ruoli del personale tecnico-amministrativo dovrà avere qualifica funzionale superiore alla ottava.
Il Direttore è responsabile della gestione amministrativa e contabile delle strutture servite, anche se concernente l'attività didattica e scientifica di singoli docenti e ricercatori fatta salva la loro autonomia ai sensi del 2° comma, punto 5, dell'art.85 del DPR 11 luglio 1980 n.382.
Il Direttore, coadiuvato dal Comitato di gestione e tenendo conto dei criteri generali dettati dagli Organi di indirizzo delle strutture servite, per ciascuna di esse provvede a:

- predisporre annualmente entro il 31 maggio le richieste di finanziamento al Consiglio di Amministrazione dell’Università corredate dalla relazione concernente il piano annuale delle attività;
- predisporre, entro il 30 novembre, il bilancio preventivo ed entro il 15 marzo il conto consuntivo, corredati da una dettagliata relazione che illustri tra gli altri i seguenti aspetti:

-utilizzazione dei fondi in correlazione alle attività didattiche e di ricerca in corso nella struttura;

-eventuali esigenze sopravvenute e di adattamento in corso d'anno;
-conseguimento delle finalità preventivate nell'ambito della sperimentazione organizzativa e didattica e nella collaborazione scientifica dell'attività a carattere interdipartimentale e interuniversitaria;
-risultati generali della gestione e variazioni alla previsione in corso d'esercizio.
Il Direttore del Centro Servizi provvede all'ordinazione di quanto occorre al funzionamento delle strutture servite e dispone il pagamento delle relative fatture nell'osservanza delle norme che regolano l'amministrazione e la contabilità; egli è altresì tenuto ad ogni adempimento di legge anche in ottemperanza alle norme fiscali.
Il Direttore del Centro Servizi designa la persona incaricata della sua sostituzione in caso di assenza o di temporaneo impedimento.